Ubuntu 18.04 LTS DesktopにFolding@Homeをインストールする!

Folding@homeの新型コロナウイルス タンパク質構造解析プロジェクトに参加するため、Folding@Homeのソフトウェアをインストールします。

使用した環境

  • Intel® Core™ i5-7500
  • GeForce GTX 1050 Ti
  • Ubuntu 18.04 LTS Desktop (18.04.3)
  • CUDA 10.2
  • FAHClient 7.5.1
  • FAHControl 7.5.1
  • FAHViewer 7.5.1

CUDA 10.2のインストール

CUDA 10.2をインストールしていない場合は、以下の記事を参考にインストールします。

Folding@Homeのパッケージのダウンロード

Folding@Homeのパッケージを「Start Folding」から「Debian / Mint / Ubuntu」用の以下のモジュールをダウンロードします。

  • fahclient_7.5.1_amd64.deb
  • fahcontrol_7.5.1-1_all.deb
  • fahviewer_7.5.1_amd64.deb

FAHClientのインストールの実行

以下のコマンドを実行して、FAHClientをインストールします。

$ cd $HOME/Downloads
$ ls -1 fah*
fahclient_7.5.1_amd64.deb
fahcontrol_7.5.1-1_all.deb
fahviewer_7.5.1_amd64.deb
$ sudo dpkg -i --force-depends fahclient_7.5.1_amd64.deb
Selecting previously unselected package fahclient.
(Reading database ... 136544 files and directories currently installed.)
Preparing to unpack fahclient_7.5.1_amd64.deb ...
usermod: no changes
Unpacking fahclient (7.5.1) ...
Setting up fahclient (7.5.1) ...

The Folding@home client is now installed

You can access the Web interface by going to:

  https://client.foldingathome.org/

in a browser on this computer.

For information about configuring the Folding@home client for 
remote access please see the comments in:

  /etc/fahclient/config.xml


Processing triggers for ureadahead (0.100.0-21) ...
Processing triggers for systemd (237-3ubuntu10.24) ...
Processing triggers for gnome-menus (3.13.3-11ubuntu1.1) ...
Processing triggers for desktop-file-utils (0.23-1ubuntu3.18.04.2) ...
Processing triggers for mime-support (3.60ubuntu1) ...

インストールの過程で、初期設定として、以下入力します。

  • Folding@Home User Name・・・任意の名前
  • Folding@Home Team Number・・・0
  • Folding@Home Passkey・・・※入力なし
  • Configuring fahlient(リソース)・・・medium
  • Configuring fahlient(自動起動)・・・yes

fahclientはサービスとして自動で起動します。※インストール直後から動作します。

FAHControlのインストールを実行

以下のコマンドを実行して、FAHControlをインストールします。

$ cd $HOME/Downloads
$ ls -1 fah*
fahclient_7.5.1_amd64.deb
fahcontrol_7.5.1-1_all.deb
fahviewer_7.5.1_amd64.deb
$ sudo dpkg -i --force-depends fahcontrol_7.5.1-1_all.deb
(Reading database ... 136556 files and directories currently installed.)
Preparing to unpack fahcontrol_7.5.1-1_all.deb ...
Unpacking fahcontrol (7.5.1-1) over (7.5.1-1) ...
dpkg: fahcontrol: dependency problems, but configuring anyway as you requested:
 fahcontrol depends on python-gnome2; however:
  Package python-gnome2 is not installed.
 fahcontrol depends on python-support | dh-python; however:
  Package python-support is not installed.
  Package dh-python is not installed.

Setting up fahcontrol (7.5.1-1) ...
Processing triggers for gnome-menus (3.13.3-11ubuntu1.1) ...
Processing triggers for desktop-file-utils (0.23-1ubuntu3.18.04.2) ...
Processing triggers for mime-support (3.60ubuntu1) ...

この状態で、FAHControlコマンドを実行しても以下のエラーで動作しません。

$ FAHControl
bash: /usr/bin/FAHControl: /usr/bin/python: bad interpreter: No such file or directory

以下のコマンドで、パッケージの依存関係の問題を解消します。

$ sudo apt --fix-broken install

起動は、Activityから「FAHControl」と入力して起動するか、以下のコマンドを実行します。

$ FAHControl

すると、以下のような画面が表示され、FAHが動作していることがわかります。※しばらく待つと、Work Unitがダウンロードされ実行が開始されます。

FAHViewerのインストールを実行

以下のコマンドを実行して、FAHViewerをインストールします。

$ cd $HOME/Downloads
$ ls -1 fah*
fahclient_7.5.1_amd64.deb
fahcontrol_7.5.1-1_all.deb
fahviewer_7.5.1_amd64.deb
$ sudo dpkg -i --force-depends fahviewer_7.5.1_amd64.deb
Selecting previously unselected package fahviewer.
(Reading database ... 136556 files and directories currently installed.)
Preparing to unpack fahviewer_7.5.1_amd64.deb ...
Unpacking fahviewer (7.5.1) ...
Setting up fahviewer (7.5.1) ...
Processing triggers for gnome-menus (3.13.3-11ubuntu1.1) ...
Processing triggers for desktop-file-utils (0.23-1ubuntu3.18.04.2) ...
Processing triggers for mime-support (3.60ubuntu1) ...

起動は、Activityから「FAHViewer」と入力して起動するか、以下のコマンドを実行します。

$ FAHViewer

以下のような画面が表示され、タンパク質構造解析に貢献できている感覚が伝わってきます。

FAHClientの起動と停止

サービスとして動作するFAHClientの起動と停止方法です。

FAHClientの起動

FAHClientの起動方法です。

$ sudo /etc/init.d/FAHClient start

FAHClientの停止

FAHClientの停止方法です。

$ sudo /etc/init.d/FAHClient stop

FAHClient自動起動時のWork Unitの開始を一時停止

AHControlの上部のパネルにあるConfigureをクリックし設定画面を表示後、Expertタブを選択し、Nameを「pause-on-start」、Valueを「true」の組み合わせを「add」し、設定を「Save」します。開始は、FAHControlから「Fold」をクリックします。

FAHClientのアンインストール

サービスとして動作するFAHClientのアンインストール方法です。設定誤りで起動しなくなった場合に、再インストールするために使用することもあります。

$ sudo dpkg -P fahclient

疾病の選択

FAHControlの上部のパネルにあるConfigureをクリックし設定画面を表示後、Advancedタブを選択し、「Cause Preference」の項目で疾病を選択します。新コロナウィルスのプロジェクトに参加するためには、デフォルトの「Any」にします。

おわりに

Folding@Homeのソフトウェアのインストールと起動確認を行いました。FAHControlのインストールについては依存パッケージの問題で素直には行きませんが、aptの修復コマンドで対応可能でした。

次の記事

本稿では、CPUでWork Unitを実行しています。字義の記事では、GPUを使用するように設定します。

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参考